Miejscowość Cisiec należała do parafii w Milówce. W sytuacji, gdy we wsi nie było kościoła, na początku lat siedemdziesiątych grupa mieszkańców zaczęła zabiegać o wzniesienie świątyni. Starania mieszkańców napotykały jednak na opór władz komunistycznych. W 1971 r. do Milówki trafił ks. Władysław Nowobilski, który wraz z mieszkańcami kontynuował starania. Mieszkańcy, nie mogąc liczyć na uzyskanie zezwolenia władz na budowę kościoła, ani nie widząc możliwości zaadaptowania na ten cel istniejącego budynku, wpadli na pomysł nielegalnego wybudowania od podstaw kaplicy. Oficjalnie uzyskano od władz pozwolenie na wzniesienie „domu dwurodzinnego”. Parcelę na ten cel oddali Maria i Władysław Śleziakowie. Latem 1972 r. rozpoczęto wylewanie fundamentów, jednak podejrzenia władz wstrzymały prace. 5 listopada 1972, w niedzielę, ks. Nowobilski podczas porannej mszy św. zaczął podczas kazania zachęcać ludzi do kontynuacji budowy kościoła. Do prac, które rozpoczęły się tuż po nabożeństwie, przyłączało się coraz więcej ludzi. Przed południem na miejscu pojawili się funkcjonariusze Służby Bezpieczeństwa, nawołując do przerwania budowy i zabierając pierwszych ludzi na przesłuchania. Wieczorem władze wyłączyły prąd, licząc na uniemożliwienie w ten sposób budowy. Mieszkańcy kontynuowali ją jednak przy świetle rozpalonych ognisk i samochodowych reflektorów. Gorączkowe prace, którym towarzyszyły modlitwy, doprowadziły jeszcze tej samej nocy z 5 na 6 listopada do położenia szkieletu dachu. 7 listopada, we wtorek, ks. Nowobilski na prowizorycznym ołtarzu odprawił mszę dziękczynną. W roku 1973 kościół odwiedzał dwukrotnie kardynał Karol Wojtyła, za drugim razem informując mieszkańców o przebiegu starań związanych z legalizacją kościoła. 18 grudnia 1977 roku kardynał Wojtyła dokonał uroczystej konsekracja ołtarza. Kościół w Ciścu jest obiektem leżącym na Szlaku Papieskim, wyznakowanym na obszarze gminy Węgierska Górka.